python正则提取分子信息sdf文件内容.py

codegay

python正则提取分子信息sdf文件内容.py

1. """
   
2. python正则提取分子信息sdf文件内容.py
   
3. http://www.oschina.net/question/2650430_2152434
   
4. 2016年2月25日 04:17:05 codegay
   
5. python 3.4
   
6. """
   
7. import sys
   
8. import re
   
9. print(sys.argv)
   
10. if len(sys.argv)>=4:   
    
11.     sdffile=sys.argv[1]
    
12.     inputfile=sys.argv[2]
    
13.     result=sys.argv[3]
    
14. elif len(sys.argv)==1:
    
15.     sdffile="exemple.sdf"
    
16.     inputfile="exemple_data.csv"
    
17.     result="result.txt"
    
18.    
    
19. sdf=open(sdffile).read()
    
20. #print(sdf)
    
21. inlist=[r.strip("\n") for r in open(inputfile).readlines()]
    
22. #print(inlist)
    
23. with open(result,"a+") as f:
    
24.     for i in inlist:
    
25.         out=re.findall(r"%s.*?\$\$\$\$" %i,sdf,16)
    
26.         print(out)
    
27.         [f.write(r) for r in out]
    
28.    
    

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